在民事审判过程中，对于建筑工程承包合同纠纷，如果工程量、造价双方争议较大，可以由双方协商确定一个鉴定机构对完成的工程量和造价进行鉴定确定；对于人身损害赔偿案件的伤残等级，如果双方意见不一，也可以由双方共同协商确定一个鉴定机构对受害人的伤残
在民事审判过程中，对于建筑工程承包合同纠纷，如果工程量、造价双方争议较大，可以由双方协商确定一个鉴定机构对完成的工程量和造价进行鉴定确定；对于人身损害赔偿案件的伤残等级，如果双方意见不一，也可以由双方共同协商确定一个鉴定机构对受害人的伤残情况进行鉴定，等等。总之，在民事审判过程中，对于需要鉴定的事项，可以由双方协商确定鉴定机构进行鉴定，如果双方不愿意协商，可以由人民法院指定一个鉴定机构进行鉴定。这是法律规定的，这么做无可厚非。
可是，在基层法院部分法官中现在出现这么一种现象，就是对于刑事案件，被告人对鉴定有异议的，也要求被告人与公诉机关或被害人进行协商确定鉴定机构重新鉴定或补充鉴定。针对这种做法有两种不同的意见：
第一种意见认为，刑事案件的鉴定应当参照民事诉讼的程序，如果被告人对据以定案的鉴定结论有异议，由被告人与公诉机关或被害人进行协商确定鉴定机构进行重新鉴定或补充鉴定。其理由是，刑事案件的被告人也有申请鉴定的权利，应当保护他的合法权益。
第二种意见认为，在刑事诉讼过程中，对于鉴定结论有合理性怀疑，需要进行补充鉴定或重新鉴定的，应当建议人民检察院补充侦察或由人民法院依职权指定鉴定机构进行鉴定，不得征求被告人的意见。
第二种意见的理由如下：
第一，民事诉讼解决的是人民内部矛盾，解决人民内部矛盾的根本途径是调解、协商、互谅互让、团结－－批评－－团结的原则，大家在民事诉讼过程中双方政治地位是平等的，因此双方享有同等的权利、承担同等的义务。而刑事诉讼解决的是敌我矛盾，是运用刑法的手段、运用人民民主专政的武器打击敌人、保护人民的专政活动。在刑事诉讼过程中，公诉机关、被害人与被告人的政治地位是不平等、不对等的，因此不存在公诉机关、被害人与被告人协商的问题。
第二，民事诉讼以当事人“愿意”为认定事实的基础，只要当事人承认的，不管与事实相符与否，只要不损害他人和国家的利益，法院都“作为查明的事实”，例如原告陈述被告借其10000元，只要被告承认，不管被告出于何种考虑，法院都予确认，并责令被告归还。而在刑事诉讼过程中，认定事实的基础并不是被告人认不认可，而是有没有证据证实，没有证据证实的，即便被告人承认，也不得认定被告人有罪和处以刑罚。因此，在刑事诉讼过程中，对于事实的认定，并不是被告人承认不承认的问题，而是现有证据能不能形成一个完整的证据链的问题。只要证据合法、能够形成一个完整的证据链，被告人不承认，只能认定被告人认罪态度不好，把其态度作为一个从重处罚的量刑情节；而证据没有形成一个完整的证据链，被告人承认也不得认定其有罪，对于需要复核鉴定或补充鉴定的，法院可以依职权进行鉴定，而不受被告人意志的干扰。
第三，刑事案件鉴定与被告人协商没有法律依据。无论从我国现行的刑事诉讼法还是从最高人民法院的司法解释中都没有“与被告人协商确定鉴定机构”的规定。因此，刑事案件鉴定与被告人协商鉴定机构既没有法律规定也与法理不符。
综上，第一种意见没有能够区分两种不同性质的矛盾，没有能够把两种不同性质的诉讼区别开来，因而是错误的。笔者同意第二种观点。（李度）
